تشارك الهيئة الصحية الإسلامية في تنفيذ برامج حملات التحصين ضد الأمراض السارية والمعدية، التي تنظمها اليونيسف بالتعاون مع منظمة الصحة العالمية ووزارة الصحة العامة اللبنانية، وأبرز هذه الحملات :
 
- حملة التحصين ضد الحصبة - الحصبة الألمانية من عمر سنة حتى 15 سنة.
- حملة التحصين ضد شلل الأطفال من عمر يوم حتى خمس سنوات.
- حملات التحصين الاستثنائية ضد الشلل،أبو كعب، الصفيرة.

أما نتائج هذه الحملات فهي كالآتي:

في عام 2003 تم تنفيذ حملتين للتحصين الأطفال من داء الشلل، من عمر يوم حتى خمس سنوات، في المدارس(صفوف الروضات وقسم الحضانة)وفي الأحياء الشعبية-بكافة مناطق بيروت والجنوب والبقاع- من خلال إعطائهم لقاح الشلل)وتضمنت كل حملة مرحلتين :

1-الحملة الأولى نفذت خلال شهر أيار وشهر حزيران (مجموع الملقحين=33990 طفل)

2-الحملة الثانية نفذت خلال شهر تشرين الأول وشهر كانون الأول(مجموع الملقحين=36970 طفل).