من البرامج الهامة، تقوم به مديرية الصحة الاجتماعية على شكل حملات وطنية سنوية للتلقيح ضد الأمراض التي تشكل خطراً على صحة الأطفال (الشلل والحصبة بنوعيها) بهدف الحد من انتشار أو القضاء على هذه الأمراض، تنظمها وزارة الصحة العامة اللبنانية بالتعاون مع منظمة اليونيسف ومنظمة الصحة العالمية وكذلك وزارة الشؤون الاجتماعية ووزارة التربية والتعليم العالي بالإضافة إلى الجمعيات الأهلية وجمعية طب الأطفال في لبنان وجمعية طب الأطفال في الشمال. مدة الحملة تتراوح حوالي الشهرين تتضمن مرحلتين تفصل بينهما مدة شهر وفترة التلقيح الفعلي بكل مرحلة هي أسبوع واحد.
تشارك جمعية الهيئة الصحية الإسلامية بهذه الحملات التي تقوم بناءً على تعميم رسمي يصدر عن طبابة القضاء (في كل منطقة:بيروت والبقاع والجنوب) من قبل وزارة الصحة العامة.

إجراءات التحضير والتنفيذ:

تقوم مديرية الصحة الاجتماعية بالتنسيق لهذه الحملات من خلال التواصل مع إدارات المدارس(رسالة من أجل السماح بدخول المدارس وتلقيح تلامذتها بالإضافة إلى التعميم من وزارة الصحة وكذلك مرسوم رسمي من وزارة التربية)ومع مديرية المراكز الصحية التابعة للهيئة من أجل التلقيح المجاني للأطفال المترددين إليها وكذلك مع الدفاع المدني من أجل تأمين سيارات خاصة(مستوصف نقال) للتلقيح في الأحياء والقرى.
كما تعمل المديرية على تأمين فرق عمل التلقيح من المتطوعين:أطباء وممرضات ومساعدين مع وضع جدول يومي لعملهم وآلية توزيعهم على المدارس والمراكز والمستوصفات النقالة.

معدل الأطفال الذين تقوم فرق الهيئة الصحية بتلقيحهم سنوياً ضمن هذه الحملات حوالي 60.000 طفل من عمر يوم حتى خمس سنوات.