الخدمات التي تقدّمها الجمعية علاجية ووقائية، استرشادا" بالمبدأ الانساني الكافل حقّ الانسان بالحياة الكريمة التي تشكّل الصحة السليمة عمادها. تقدّم الهيئة الصحية الخدمات الوارد ذكرها آنفا" من خلال مستوصفات ومراكز ومستشفيات تنتشر في الاراضي اللبنانية.

تشتمل الخدمات الصحية على الارشاد في الموضوعات الصحية، كالصحة النفسية، الصحة البيئية، الصحة الانجابية … في ما تقدّم المعالجة الطبية في كافة مستوياتها في مراكز الهيئة؛ فالهيئة تقدّم خدمات الصحة العامة وطب الاطفال، طب الاسنان، الطب النسائي، فضلا عن الاختصاصات المختلفة الاخرى.

هذا فيما تقوم جمعية الهيئة الصحية الإسلامية  بالكثير من البرامج والأنشطة الصحية التي تكون أحيانا" في إطار البرامج الصحية الوطنية، فيما يكون البعض الآخر على عاتق الهيئة الصحية الإسلامية التي تقدّم من خلال تلك البرامج الخدمات الصحية للمواطنين. والبرامج الصحية هي:

أ_ حملات التلقيح الروتينية والاستثنائية

ب_ حملة الصحة المدرسية

ج – التثقيف الصحي

د –حملات صحية متفرقة (مكافحة التدخين - السيدا - مكافحة أمراض القلب والشرايين وغيرها)