تصيب فيروسات أنفلونزا الخنازير البشر حين يحدث اتصال بين الناس وخنازير مصابة، وتحدث العدوى أيضا حين تنتقل أشياء ملوثة من الناس إلى الخنازير.
ويمكن أن تصاب الخنازير بأنفلونزا البشر أو أنفلونزا الطيور، وعندما تصيب فيروسات أنفلونزا من أنواع مختلفة الخنازير يمكن أن تختلط داخل الخنزير وتظهر فيروسات خليطة جديدة. وعن أسباب الإصابة بالمرض، فقد أعلنت منظمة الصحة العالمية أن الأسباب الرئيسية لإصابة الإنسان بالعدوى تكمن في الاختلاط المباشر بين الخنازير، الأدوات الملوثة التي تستخدم بين الخنازير المصابة وغير المصابة، وأشارت إلى أن  القطعان التي تم تحصينها ضد أنفلونزا الخنازير قليلاً ما تصاب بالمرض أو يظهر عليها علامات المرض.كما جاء في تقرير لوزارة الصحة المصرية، أنه ليس هناك دليلاً لانتقال المرض عن طريق لحم الخنزير المطهي، وكذلك منتجات لحم الخنازير، وتكون اللحوم آمنة عند وصولها بدرجة71 درجة مئوية خلال الطهى وذلك لقتل الفيروس.
ويمكن أن تنقل الخنازير الفيروسات المحورة مرة أخرى إلى البشر ويمكن أن تنقل من شخص لآخر، ويعتقد أن الانتقال بين البشر يحدث بنفس طريقة الأنفلونزا الموسمية عن طريق ملامسة شيء ما به فيروسات أنفلونزا، ثم لمس الفم أو الأنف ومن خلال السعال والعطس.